TT 99/2016/TT-BTC về quản lý hoàn thuế GTGT

TƯ VẤN & DỊCH VỤ

THÔNG TƯ99/2016/TT-BTC

ngày
29 tháng 6 năm 2016

HƯỚNG DẪN VỀ QUẢN LÝ
HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006;
Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế ngày
20/11/2012; Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của các Luật về thuế số
71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 ngày
03/6/2008; Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Thuế giá trị gia tăng số
31/2013/QH13 ngày 19/6/2013; Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế
giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số
106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Ngân sách nhà nước số 83/2015/QH13 ngày
25/6/2015 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Nghị định số 215/2013/NĐ-CP ngày 23/12/2013 của
Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài
chính;

Theo đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư hướng dẫn về quản
lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Chương I. QUY
ĐỊNH CHUNG

Điều
1. Phạm vi Điều chỉnh

1.
Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp
thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, Luật
Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; bao
gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia
tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng; trách nhiệm của các
cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế giá trị gia
tăng.

2.
Hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước
ngoài mang theo khi xuất cảnh thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số
72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính.

3.
Hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa thực hiện theo quy định
tại Điều 47 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11 và đã được sửa
đổi, bổ sung tại Khoản 13 Điều 1 Luật quản lý thuế số
21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật quản lý thuế và các văn
bản hướng dẫn thi hành.

Điều
2. Đối tượng áp dụng

1. Người nộp thuế được hoàn thuế giá
trị gia tăng theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng.

2.
Cơ quan quản lý thuế gồm:

a) Tổng
cục Thuế, Cục Thuế, Chi cục Thuế;

b) Tổng
cục Hải quan, Cục Hải quan, Chi cục Hải quan.

3. Vụ
Ngân sách nhà nước – Bộ Tài chính.

4.
Kho bạc nhà nước, Kho bạc nhà nước cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương,
Kho bạc nhà nước cấp quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh.

5. Cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân khác liên quan đến việc
quản
lý hoàn thuế giá
trị gia tăng.

Điều
3. Nguyên tắc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1.
Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá
trị gia tăng tự xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ Điều kiện khấu trừ,
hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ
quan thuế quản lý trực tiếp.

2.
Việc giải quyết hoàn thuế được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật, theo
trình tự, thủ tục quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế số
78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 (sau đây gọi là Luật quản lý thuế số
78/2006/QH11) và Khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số
21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý
thuế (sau đây gọi là Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13) và các văn bản hướng dẫn
thi hành.

3. Áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro trong việc giải quyết
hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Khoản
1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Khoản 2 Điều 1
Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế
tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016(sau
đây gọi là Luật số 106/2016/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

4.
Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin
theo
quy định của pháp luật về giao dịch điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng và thực hiện
kết nối, trao đổi thông tin với các cơ quan có liên quan trong việc giải quyết
hoàn thuế cho người nộp thuế.

Điều
4. Kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1.
Kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được bố trí trong dự toán ngân sách hàng
năm do Quốc hội quyết định.

2. Tổng
cục trưởng Tổng cục Thuế quản lý kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng và Điều
hành chi hoàn thuế giá trị gia tăng trong phạm vi dự toán ngân sách đã được cấp
có thẩm quyền phê duyệt.

3. Cục
trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng để chi
hoàn cho người nộp thuế theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về việc ra quyết định
hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Điều
5. Cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế giá trị
gia tăng

1.
Cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng là hệ thống dữ liệu thông tin về người
nộp thuế thuộc đối tượng hoàn thuế giá trị gia tăng, là một cấu phần trong hệ
thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế. Việc xây dựng, thu thập,
xử lý, sử dụng, chia sẻ, lưu trữ, bảo mật thông tin của cơ sở dữ liệu hoàn thuế
giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành.

2.
Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin trong việc thực hiện quản lý hoàn thuế
giá trị gia tăng, bao gồm: tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế, thông báo kết
quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế, trao đổi thông tin với các cơ quan liên quan
trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 6. Áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế
giá trị gia tăng

1. Việc đánh giá rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá
trị gia tăng được thực hiện theo quy định của Khoản 1 Điều 1 Luật
quản lý thuế số 21/2012/QH13; Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của
Bộ Tài chính quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế (sau đây gọi
là Thông tư số 204/2015/TT-BTC).

2. Quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị
gia tăng

a) Phân loại hồ sơ giải quyết hoàn thuế bao gồm: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế
trước, kiểm tra sau và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau
theo
quy định tại Khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13,
Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13; Cơ quan thuế thực hiện
kiểm tra trước hoàn thuế sau đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi
ro cao.

b)
Xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định
tại Khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, Khoản 4 Điều 41 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP: kiểm tra sau hoàn
thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể
từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Điều 7. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ hải quan đối với một
số trường hợp rủi ro cao về thuế

1. Cơ quan hải quan có trách nhiệm cung cấp thông tin Tờ
khai hải quan và các thông tin có liên quan cho cơ quan thuế qua Cổng thông tin
điện tử của Tổng cục Hải quan theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công
tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế. Cơ quan hải quan chịu trách nhiệm về
thông tin hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trên Tờ khai hải quan theo quy định về
pháp luật hải quan và pháp luật về quản lý thuế.

Trường hợp Tờ khai hải quan không có trên cơ sở dữ liệu của
cơ quan hải quan cung cấp, cơ quan
thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan có liên quan cung cấp để có căn cứ giải
quyết hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế.

2. Trên cơ sở kết quả phân tích, đánh giá rủi ro, yêu cầu
về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc qua kiểm tra, phát hiện có dấu hiệu
vi phạm pháp luật về thuế, hải quan, cơ quan thuế có trách nhiệm cung cấp thông
tin vi phạm của người nộp thuế cho cơ quan hải quan để thực hiện việc kiểm tra,
giám sát hải quan theo quy định.

Tổng cục Thuế định kỳ hàng quý vào ngày 20 tháng sau liền kề hoặc đột
xuất trong trường hợp cần thiết gửi văn bản đề nghị Tổng cục Hải quan áp dụng
tiêu chí phân luồng để thực hiện kiểm tra, giám sát đối với hàng hóa xuất khẩu,
nhập khẩu thuộc diện rủi ro cao về hoàn thuế. Văn bản đề nghị phải nêu rõ tiêu
chí xác định và phương thức kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu đối với
doanh nghiệp; mặt hàng; địa bàn, lĩnh vực hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu phù hợp
với quy định của Luật hải quan.

Trong thời hạn chậm nhất 5 (năm) ngày làm việc kể từ khi
nhận được văn bản đề nghị của Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan phải áp dụng
tiêu chí phân luồng, biện pháp kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu. Trường
hợp không áp dụng hoặc có vướng mắc, Tổng cục Hải quan có văn bản trao đổi với
Tổng cục Thuế trong thời hạn nêu trên và nêu rõ lý do của việc không hoặc chưa
áp dụng.

Điều 8. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế đối
với một số trường hợp rủi ro cao về thuế

1. Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người
nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa,
dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch
kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế
quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện
kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của
bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.

2. Trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên
quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ
quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện
người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ,
chưa đúng quy định:

a) Cơ quan thuế có văn bản yêu cầu tổ chức tín dụng, tổ
chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán có liên quan cung cấp thông tin
(bao gồm cả sổ phụ tài Khoản) của người trả (hoặc chuyển) tiền, người thụ hưởng
số tiền trên chứng từ (hoặc cá nhân liên quan đến người thụ hưởng) để có căn cứ
giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng;

b) Cơ quan thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan cửa
khẩu cung cấp thông tin về lượng tiền mặt (ngoại tệ hoặc đồng Việt Nam) mang
qua cửa khẩu vào Việt Nam trong thời hạn 5 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận
được văn bản đề nghị của cơ quan thuế để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị
gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theo quy định.

3. Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người
nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về
thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để
xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

4. Quá thời hạn kiểm tra, thanh tra thuế nhưng cơ quan
thuế chưa nhận được kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan nêu
tại Điều này thì:

a) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế
sau, cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ Điều kiện được hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:

– Nếu số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ Điều kiện
được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ Điều kiện được hoàn.

– Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ Điều kiện
được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

Trường
hợp cơ quan thuế xác định số thuế đủ Điều
kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ Điều kiện hoàn, không chờ kiểm
tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm
tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn
thuế khi có đủ Điều kiện theo quy định.

b) Trường hợp kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế, cơ quan
thuế phải kết thúc kiểm tra, thanh tra đúng thời hạn quy định. Đối với số tiền
thuế đã hoàn đang chờ kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan,
cơ quan thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra về việc
chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ Điều kiện hoàn thuế. Khi có kết quả trả
lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế xác định số tiền thuế
đã hoàn không đủ Điều kiện hoàn thuế thì có quyết định thu hồi số thuế đã hoàn
và xử phạt người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

Điều 9. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc tiếp nhận,
giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm tiếp
nhận hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế.

2. Cục Thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn
thuế của người nộp thuế, bao gồm: phân loại
hồ sơ hoàn thuế; xác định
số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải
bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; đề
xuất hoàn thuế; thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực
hiện chi hoàn thuế cho người nộp
thuế trừ
trường hợp quy định tại Khoản 3 Điều này.

3. Chi cục Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế trực
thuộc các Cục Thuế thành phố Hà Nội,
thành phố Hồ Chí Minh, tỉnh Bình Dương, tỉnh Đồng Nai được
thực hiện các công việc sau: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp
thuế;
xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải
bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; đề
xuất số tiền được hoàn thuế trước khi chuyển hồ sơ gửi Cục Thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực
hiện chi hoàn thuế cho người nộp
thuế.

Chương II. QUY TRÌNH GIẢI QUYẾT
HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 10. Lập và gửi hồ sơ hoàn thuế

1. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gồm:

– Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước
(mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính) (sau đây gọi là
Thông tư số 156/2013/TT-BTC).

– Các tài liệu khác theo quy định tại các Điều từ Điều 50 đến Điều 56 (trừ Điều 53) của Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

2. Người nộp thuế là doanh nghiệp, tổ chức đáp ứng đầy
đủ các Điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp
luật về thuế giá trị gia tăng và pháp luật về quản lý thuế, lập và gửi hồ sơ
hoàn thuế giá trị gia tăng đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.

Chi
nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế theo quy định tại Khoản
1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phải là đơn vị kế toán
lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế
toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản
ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về uỷ quyền.

3. Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc
nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính. Cụ thể:

a) Người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử qua Cổng
thông tin điện tử của Tổng cục Thuế kể từ thời Điểm cơ quan thuế chấp nhận giao
dịch hoàn thuế điện tử theo quy định tại Thông tư số 110/2015/TT-BTC ngày
28/7/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế (sau
đây gọi là Thông tư số 110/2015/TT-BTC).

b) Người nộp thuế gửi trực tiếp hồ sơ hoàn thuế bằng
giấy hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp
thuế.

4. Người nộp thuế đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến
cơ quan thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế thì người nộp thuế
được khai Điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấu trừ tiếp vào tờ
khai thuế giá trị gia tăng của kỳ kê khai tiếp theo kể từ thời Điểm có văn bản
hủy đề nghị hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng.

Related articles 01:

1. https://docluat.vn/archive/3811/

2. https://docluat.vn/archive/1882/

3. https://docluat.vn/archive/1537/

4. https://docluat.vn/archive/3341/

5. https://docluat.vn/archive/3323/

Điều 11. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

1. Nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử

a) Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động nhận
hồ sơ hoàn thuế điện tử của người nộp thuế.

b) Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tự động ghi nhận hồ
sơ hoàn thuế điện tử của người nộp thuế và chuyển đến cơ quan thuế giải quyết hồ
sơ hoàn thuế theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều 9 Thông tư này; đồng thời
gửi Thông báo xác nhận nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử (mẫu số 01/TB-TĐT ban hành
kèm theo Thông tư số 110/2015/TT-BTC) cho người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý
trực tiếp người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

2. Nhận hồ sơ hoàn thuế bằng giấy

a) Hồ sơ nộp trực tiếp tại cơ quan thuế:

Bộ phận “một cửa” của cơ quan thuế quản lý trực tiếp
người nộp thuế nhận hồ sơ hoàn thuế, kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ theo quy định.
Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, bộ phận “một cửa” thông báo, hướng dẫn người nộp
thuế để hoàn chỉnh hồ sơ. Trường hợp hồ sơ đầy đủ, bộ phận “một cửa” ghi sổ nhận
hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

b) Hồ sơ nộp qua đường bưu chính:

Bộ phận hành chính văn thư của cơ quan thuế quản lý trực
tiếp người nộp thuế nhận hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, ghi sổ văn thư
theo quy định, chuyển bộ phận “một cửa” để xử lý theo quy định tại Điểm a Khoản
này.

c) Chi cục Thuế gửi hồ sơ hoàn thuế cho Cục Thuế có
trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Khoản 2 Điều 9 Thông
tư này ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề
trừ trường hợp quy định tại Điểm d Khoản này.

d) Đối với Chi cục Thuế trực tiếp giải quyết hồ sơ
hoàn thuế theo quy định tại Khoản 3 Điều 9 Thông tư này: bộ phận “một cửa” chuyển
hồ sơ hoàn thuế cho bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Chi cục Thuế ngay
trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề.

3. Thời Điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế điện tử: là ngày ghi trên
Thông báo xác nhận nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử quy định tại Điểm b, Khoản 1 Điều
này.

b) Đối với hồ sơ được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế
hoặc gửi qua đường bưu chính: là ngày nộp hồ sơ hoàn thuế được xác định theo hướng
dẫn tại Điểm b và Điểm c Khoản 1 Điều 58 Thông tư số
156/2013/TT-BTC.

Điều 12. Phân loại hồ sơ hoàn thuế

1.
Cơ quan thuế thực
hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Khoản 1, Khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13, cụ thể như sau:

a) Hồ sơ
thuộc diện kiểm tra trước, hoàn
thuế sau là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp sau đây:

– Hoàn thuế theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng
hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên, trừ trường hợp hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần của các
hãng vận tải nước ngoài.

– Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu.

Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan
quản lý thuế lần đầu nhưng
không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị
hoàn thuế lần đầu.

– Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai)
năm, kể từ
thời Điểm bị cơ quan quản lý thuế xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế
trong thời hạn 02 (hai) năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời Điểm bị xử
lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế
của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp
hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại Khoản
33 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, hoặc hành vi trốn thuế,
gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật quản lý thuế và Khoản
34 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế
của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp
phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế có hành vi khai
sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận về thuế quy định tại Khoản
33, Khoản 34 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, Điều
108 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc diện
kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo đúng thời hạn 02
(hai) năm, kể từ thời Điểm bị xử lý về
hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

– Người nộp thuế sản xuất, kinh doanh hàng hóa xuất khẩuđề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai)
năm, kể từ
thời Điểm bị cơ quan quản lý nhà
nước xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới,
gian lận thương mại.

Cơ quan thuế căn cứ thông tin về Quyết định xử phạt của
cơ quan quản lý nhà nước có liên quan về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép
hàng hoá qua biên giới, gian lận thương mại trên cơ sở dữ liệu quản lý hoàn thuế
tại thời Điểm đánh giá để căn cứ phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra
trước, hoàn thuế sau. Thời Điểm 02 (hai) năm được tính kể từ ngày cơ quan quản
lý nhà nước có Quyết định xử phạt về một trong các hành vi buôn lậu, vận chuyển
trái phép hàng hoá qua biên giới, gian lận thương mại tại thời Điểm đánh giá.

– Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá
sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;

–
Người nộp thuế thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế
là các trường hợp người nộp thuế được đánh giá xếp hạng rủi ro cao, rủi ro rất
cao, người nộp thuế có thời gian hoạt động dưới 12 tháng hướng dẫn tại Thông tư
số 204/2015/TT-BTC.

– Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông
tin tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai
là đúng.

b) Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau là các
hồ sơ không thuộc Điểm a Khoản này.

2. Trường hợp kết quả
phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ hoàn thuế
sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế trong thời hạn 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận
đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điểm
a Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, thông báo được gửi
cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Điều 13. Xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của
người nộp thuế

1. Đối với hồ sơ
hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

Cơ
quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về
người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia
tăng để kiểm tra đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cụ thể:

a) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc
đối tượng và trường hợp hoàn thuế theo
quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế, trong thời hạn chậm
nhất không quá 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ, cơ
quan thuế ban hành Thông báo về việc
không được hoàn thuế (mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số
156/2013/TT-BTC) gửi cho người nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng
thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

b)
Trường hợp hồ sơ hoàn thuế của người
nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế
thực hiện đối chiếu số tiền thuế
giá trị gia tăng đề nghị hoàn tại hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế của người
nộp thuế. Số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn phải đảm bảo đã được khai thuế theo đúng quy định của Luật quản
lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; đảm bảo Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế
quy định tại Khoản 6, Khoản 7 Điều 1 Luật thuế giá trị gia
tăng số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013 (sau đây gọi là Luật thuế giá trị gia
tăng số 31/2013/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

c) Trường hợp chưa đủ thông tin để xác định
hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc
đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế lập và gửi Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo
Thông tư 156/2013/TT-BTC) theo quy định tại Khoản
2 Điều 60 Thông tư 156/2013/TT-BTCgửi người
nộp thuế trong thời hạn chậm nhất
không quá 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp
người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông
tin điện tử của Tổng cục Thuế. Trong
thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế có Thông báo, người nộp
thuế có trách nhiệm gửi các giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo
thông báo của cơ quan thuế. Quá thời hạn nêu trên, cơ quan thuế chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

– Trường hợp thông tin liên quan đến xác định số
thuế giá trị gia tăng được hoàn thuộc
trách nhiệm quản lý của cơ quan nhà nước đã có quy chế trao đổi thông tin và phối
hợp công tác với cơ quan thuế thì
cơ quan thuế không được yêu cầu người
nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.

– Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng hoặc
quá thời hạn yêu cầu của cơ quan thuế nhưng không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế theo
quy định tại Khoản 2 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC: Thủ trưởng cơ quan thuế chịu trách nhiệm phê
duyệt thay đổi phân loại hồ sơ hoàn thuế của
người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang thuộc diện kiểm
tra trước, hoàn
thuế sau; đồng thời gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước,
hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế biết trong thời hạn 06 (sáu) ngày
làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ theo quy định tại Điểm
a Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

d) Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế phát hành
thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản
giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ
sơ hoàn thuế của cơ quan thuế.

2. Đối
với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau

a) Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra tại trụ sở
của người nộp thuế theo quy định tại các Điều
78,
Điều 79, Điều 80 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11 và các văn bản hướng dẫn thi hành, theo quy trình kiểm tra
thuế, quy trình thanh tra của ngành thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra thuế, thanh
tra thuế, cơ quan thuế xác định số thuế được hoàn của người nộp thuế. Số tiền thuế giá trị
gia tăng được hoàn phải đảm bảo
đã được khai thuế theo đúng quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng
dẫn thi hành; đảm bảo Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế quy định tại Khoản 6, Khoản 7 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13
và các văn bản hướng dẫn thi hành.

b) Trong
quá trình thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện
pháp theo quy định tại Điều 7, Điều 8 Thông tư này để có căn cứ xác định số tiền
thuế giá trị gia tăng đủ Điều kiện hoàn của người nộp thuế.

3. Trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà cơ
quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật
và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an Điều tra hoặc người nộp thuế bị cơ quan
nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ liên quan đến
số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ
chưa đủ Điều kiện hoàn thuế. Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế khi có kết quả
hoặc ý kiến của cơ quan công an hoặc của cơ quan có thẩm quyền hoặc khi có đủ hồ
sơ theo quy định.

Điều 14. Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt
còn nợ được bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn

1.
Cơ quan thuế có trách nhiệm xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và
các Khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để
thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế.

2.
Tiền thuế nợ của người nộp thuế phải bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực
hiện thủ tục để xoá nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 32, 39 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của
Chính phủ quy định chi Tiết thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế và Luật
sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế), bao gồm:

a)
Tiền thuế nợ do ngành Thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế;

b)
Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp
theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và
cơ quan thuế;

c)
Tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức
có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.

3.
Sau khi đã bù trừ theo quy định tại Khoản 2 Điều này, trường hợp người nộp thuế
là doanh nghiệp trụ sở chính vẫn có số thuế còn được hoàn trả nhưng có Chi
nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày do cơ quan
thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục
thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế
nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho Khoản nợ có hạn nộp xa nhất của Chi nhánh.

Trường
hợp Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện
bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính.

4.
Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về số tiền
thuế nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế; cơ quan, tổ chức có đề nghị số tiền
thuế nợ Ngân sách nhà nước được bù trừ phải chịu trách nhiệm về số liệu đã cung
cấp cho cơ quan thuế.

5.
Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được
hoàn nộp thay tiền thuế nợ ngân sách ngân sách nhà nước cho người nộp thuế
khác, cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn bù trừ với số tiền thuế nợ của
người nộp thuế khác (sau khi bù trừ số tiền thuế nợ của người nộp thuế quy định
tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này).

6.
Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo
quy định tại Điều này, người nộp thuế có vướng mắc về số tiền thuế nợ đã bù trừ
với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế,
cơ quan hải quan, cơ quan, tổ chức đề nghị bù trừ nợ có trách nhiệm giải quyết
vướng mắc cho người nộp thuế.

Trường
hợp số tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn số tiền thuế nợ thực tế thì được xác định
là Khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quan hải quan xử lý theo quy định tại Khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 hoặc cơ quan, tổ chức đề
nghị số tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định của pháp luật có liên quan.

Điều 15. Đề xuất hoàn thuế

1. Cơ quan thuế căn cứ
kết quả xác định số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn, số tiền thuế giá trị
gia tăng không được hoàn, số tiền thuế nợ phải bù trừ, số tiền thuế giá trị gia
tăng còn được hoàn trả cho người nộp thuế, thực hiện lập đề xuất hoàn thuế và dự
thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách
nhà nước), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).

2. Cơ quan thuế phải tổ chức kiểm tra, cập nhật trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế đối
với: hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng, hồ sơ hoàn thuế, Biên bản kiểm tra hoàn
thuế (nếu có), Quyết định về việc xử lý thuế qua thanh tra, kiểm tra việc chấp
hành pháp luật thuế (nếu có), Phiếu đề xuất hoàn thuế, dự thảo Quyết định hoàn
thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), Thông báo
về việc không được hoàn thuế (nếu có).

Điều 16. Thẩm định hồ sơ hoàn thuế

1. Cơ quan thuế tổ chức thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với: Phiếu đề xuất hoàn thuế,
dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân
sách nhà nước), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có) trước khi ban
hành Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách
nhà nước).

Thời hạn hoàn thành việc thẩm định hoàn thuế là: 01 (một)
ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 03 (ba)
ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ thời
Điểm tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị thẩm định.

2. Cục Thuế thực hiện thẩm định về thủ tục hoàn thuế, hồ
sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, thẩm quyền ban hành quyết
định hoàn thuế và nội dung khác có liên quan.

a) Trường hợp qua thẩm định phát hiện vấn đề chưa rõ,
chưa đầy đủ, cơ quan thuế phải tổ chức trao đổi, làm rõ giữa các bộ phận liên
quan đến giải quyết hồ sơ hoàn thuế để thống nhất các nội dung liên quan đến thẩm
định hoàn thuế trong thời hạn thẩm định hồ sơ hoàn thuế; hoặc từ chối thẩm định
hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ chưa đầy đủ, chưa cập nhật vào Hệ thống ứng dụng
quản lý thuế theo quy định tại Điều 15 Thông tư này.

b) Trường hợp kết quả thẩm định xác định thủ tục hoàn thuế,
hồ sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, thẩm quyền ban hành
quyết định hoàn thuế phù hợp với quy định, cơ quan thuế thực hiện cập nhật kết
quả thẩm định hoàn thuế giá trị gia tăng vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Điều 17. Giám sát hồ sơ hoàn thuế

1. Căn cứ quy định nghiệp vụ về quản lý thuế, quy trình
hoàn thuế, cơ sở dữ liệu về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng, Tổng cục trưởng
Tổng cục Thuế xây dựng hệ thống giám sát tự động việc giải quyết hoàn thuế giá
trị gia tăng của cơ quan thuế phù hợp với từng giai đoạn hiện đại hoá hệ thống
quản lý thuế đảm bảo đầy đủ, chính xác, đúng quy định về quản lý thuế.

2. Tổng cục Thuế thực hiện giám sát tự động đối với hồ sơ
hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế. Trong quá trình giám sát, trường
hợp Hệ thống ứng dụng quản lý thuế xác định hồ sơ không đảm bảo các Điều kiện
ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách
nhà nước, Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tự động thông báo rõ lý do và công việc
phải thực hiện tiếp theo để Cục Thuế căn cứ thực hiện hoặc thông báo cho người
nộp thuế thực hiện.

3. Kết quả giám sát phải được cập nhật tự động vào Hệ thống
ứng dụng quản lý thuế.

Điều 18. Ban hành quyết định hoàn thuế

1. Căn cứ kết quả thẩm định và giám sát hồ sơ hoàn thuế
theo quy định tại Điều 16, Điều 17 Thông tư này, Cục trưởng Cục Thuế xem xét ký
ban hành Quyết định hoàn thuế (theo mẫu
số
01/QĐ-HT)/ Quyết định hoàn kiêm bù trừ Khoản thu ngân
sách nhà nước (theo mẫu số 02/QĐ-HT), Thông báo về việc không được hoàn thuế (theo mẫu
số 02/HT-TB) quy định tại Thông tư 156/2013/TT-BTC.
Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm về quyết định hoàn
thuế theo quy định của pháp luật.

2. Thời hạn
ban hành Quyết định
hoàn thuế/ Quyết định
hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước chậm nhất không quá 06 (sáu) ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm
tra sau; 40 (bốn mươi) ngày đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn
thuế sau kể từ ngày nhận được đủ
hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế.

Related articles 02:

1. https://docluat.vn/archive/2411/

2. https://docluat.vn/archive/1271/

3. https://docluat.vn/archive/2659/

4. https://docluat.vn/archive/1660/

5. https://docluat.vn/archive/2963/

3. Quyết định hoàn thuế được gửi cho người nộp thuế, cơ
quan, tổ chức có liên quan. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện
tử, Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách
nhà nước được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế theo quy định tại
Điều 28 Thông tư 110/2015/TT-BTC.

Điều 19. Chi hoàn thuế cho người nộp thuế

1. Căn cứ Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm
bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước, Cục Thuế thực hiện lập Lệnh hoàn trả Khoản
thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước
ban hành kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC hướng dẫn thực hiện kế toán nhà nước
áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc ngày
10/1/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Quyết định số
759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính về việc đính chính Thông tư số
08/2013/TT-BTC), gửi Kho bạc nhà nước cấp tỉnh kèm theo Quyết định hoàn thuế/Quyết
định hoàn thuế kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước.

Trường hợp người nộp
thuế bù trừ số thuế được hoàn với số tiền
thuế nợ của người nộp thuế khác theo quy định tại Khoản 3, Khoản 5 Điều 14
Thông tư này, cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách
nhà nước, trong đó ghi thông tin: tên người nộp thuế, mã số thuế của người nộp
thuế được bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước để Kho bạc Nhà nước có căn cứ hạch
toán thu ngân sách nhà nước.

2. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh tiếp nhận Quyết định hoàn
thuế và Lệnh hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước (hoặc Quyết định hoàn thuế
kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước và Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu ngân
sách nhà nước) do Cục Thuế gửi đến, thực hiện các nội dung sau:

a) Đối chiếu Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả Khoản
thu ngân sách nhà nước (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà
nước và Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), đảm bảo thống nhất
thông tin về số tiền, tên người nộp thuế được nhận tiền hoàn thuế, địa chỉ ngân
hàng, thông tin về tài Khoản và ngân hàng; thông tin hạch toán thu ngân sách
nhà nước.

b) Kiểm tra tính hợp pháp của Lệnh hoàn trả Khoản thu
ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước đảm bảo khớp
đúng mẫu dấu, chữ ký (hoặc kiểm tra việc xác thực thành công chữ ký điện tử bằng
hệ thống thông tin của Kho bạc Nhà nước) .

c) Thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế trong thời hạn
chậm nhất 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Lệnh hoàn trả Khoản thu
ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước do
cơ quan thuế chuyển đến.

3. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh luân chuyển các liên chứng từ
Lệnh hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu
ngân sách nhà nước theo quy định tại Thông tư số 08/2013/TT-BTC và các văn bản
hướng dẫn thực hiện cho cơ quan thuế đồng cấp ngay trong ngày hạch toán hoặc chậm
nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề.

Trường hợp cơ quan thuế, Kho bạc Nhà nước đã thực hiện
trao đổi thông tin hạch toán hoàn thuế, hạch toán thu ngân sách nhà nước bằng
phương thức điện tử thì thực hiện theo quy định về giao dịch điện tử của Tổng cục
Thuế và Kho bạc Nhà nước.

Điều 20. Công khai thông tin giải quyết hoàn thuế

1. Người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử được
tra cứu thông tin về việc giải quyết hoàn thuế của cơ quan thuế theo quy định tại Thông tư số 110/2013/TT-BTC.

2. Cơ quan thuế công khai trên Cổng thông tin điện tử của
Tổng cục Thuế về:

­- Thời Điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế; thời Điểm tiếp nhận
văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế.

– Thời Điểm ban hành thông báo, quyết định giải quyết
hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế.

Điều
21. Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với người nộp thuế

1.
Cơ quan thuế lập kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế và thực hiện kiểm
tra, thanh tra sau hoàn thuế theo quy định của Khoản 18 Điều 1
Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13.

2.
Cơ quan thuế căn cứ kết quả đánh giá rủi ro quy định tại Điều 6 Thông tư này, lựa
chọn hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau có dấu hiệu rủi ro cao để bổ
sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế trong năm và thực hiện kiểm
tra, thanh tra sau hoàn thuế đảm bảo theo đúng thời hạn được quy định tại Khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13.

3. Căn cứ kết quả kiểm tra, thanh tra sau hoàn
thuế tại trụ sở người nộp thuế, trường hợp phát hiện số thuế đã hoàn chưa đúng
quy định, cơ quan thuế ban hành Quyết định để thu hồi số tiền thuế đã hoàn cho
người nộp thuế, xử phạt vi phạm, tính tiền chậm nộp theo quy định.

Chương III. QUẢN LÝ KINH PHÍ HOÀN THUẾ GIÁ
TRỊ GIA TĂNG

Điều 22. Lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được lập
theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế, Luật Ngân sách
nhà nước.

Quy trình, mẫu biểu lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị
gia tăng được thực hiện theo quy định về lập dự toán ngân sách nhà nước.

2. Cục Thuế có trách nhiệm lập dự toán kinh phí hoàn thuế
giá trị gia tăng thuộc phạm vi quản lý hoàn thuế trên địa bàn tỉnh, thành phố
trực thuộc trung ương. Căn cứ dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng của các
Cục Thuế, Tổng cục Thuế lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng trên phạm
vi toàn quốc.

3. Trong quá trình thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng
cho người nộp thuế, nếu phát sinh số thuế giá trị gia tăng phải hoàn vượt nguồn
kinh phí đã bố trí trong dự toán đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Tổng cục Thuế báo cáo Bộ trưởng Bộ Tài chính theo quy định
của Luật Ngân sách Nhà nước.

Điều 23. Quản lý, Điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế giá
trị gia tăng

1. Tổng cục Thuế quản lý, Điều hành nguồn kinh phí hoàn
thuế giá trị gia tăng, định kỳ tháng, quý (chậm nhất ngày 10 tháng tiếp theo liền
kề), tổng hợp số tiền đã chi hoàn thuế giá trị gia tăng, số tiền thu hồi hoàn
thuế giá trị gia tăng trên phạm vi toàn quốc và xác định dự toán kinh phí hoàn
thuế giá trị gia tăng còn được sử dụng.

2.Tổng cục Thuế tổ chức công tác thông tin, báo
cáo định kỳ về việc quản lý sử dụng kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng trên cơ
sở hệ thống thông tin quản lý thuế thống nhất toàn quốc. Hàng tháng, quý thực
hiện dự báo số thuế giá trị gia tăng phải
hoàn trên phạm vi toàn quốc để theo dõi, Điều hành công tác hoàn thuế giá trị
gia tăng.

3. Dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng hàng năm được quản lý, sử dụng
theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước.

Điều 24. Hạch toán kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng tại
Kho bạc Nhà nước

1. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh thực hiện hạch toán, kế toán
hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định về kế toán ngân sách nhà nước hiện
hành.

Định kỳ tháng, năm Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh đối chiếu,
xác nhận báo cáo kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng với cơ quan thuế đồng cấp
theo quy định.

2. Định kỳ tháng, năm, ngay sau khi khoá sổ kế toán, Kho
bạc Nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiện chi hoàn thuế giá trị gia
tăng tại từng tỉnh, thành phố và trong phạm vi toàn quốc cho Tổng cục Thuế để
theo dõi, đối chiếu và quản lý dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 25. Hạch toán thu hồi
hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Số tiền thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng nộp trong
năm ngân sách nào thì được hạch toán giảm chi hoàn thuế giá trị gia tăng của
năm ngân sách đó.

2. Cuối ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp
theo, Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh gửi Bảng kê chứng từ thu hồi hoàn thuế đã hạch
toán (trường hợp trao đổi thông tin điện tử) hoặc chứng từ thu hồi hoàn thuế đã
hạch toán (trường hợp trao đổi thông tin bằng giấy) cho cơ quan thuế đồng cấp để
thực hiện hạch toán kế toán thuế nội địa. Kho bạc Nhà nước đối chiếu, xác nhận
báo cáo kế toán thu hồi hoàn thuế cho cơ quan thuế đồng cấp theo quy định.

3. Định kỳ hàng tháng, năm, ngay sau khi khoá sổ kế toán,
Kho bạc Nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiện thu hồi hoàn thuế giá
trị gia tăng tại từng tỉnh, thành phố và trong phạm vi toàn quốc cho Tổng cục
Thuế để theo dõi, đối chiếu và quản lý dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 26. Quyết toán nguồn
kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Tổng cục Thuế có trách nhiệm quyết toán nguồn kinh phí
hoàn thuế giá trị gia tăng theo dự toán đã được Quốc hội thông qua.

2. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế có trách nhiệm tổ chức
công tác kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế các cấp theo quy định,
hướng dẫn Cục Thuế thực hiện quyết toán chi hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Kết thúc năm ngân sách và sau thời gian chỉnh lý ngân
sách, Tổng cục Thuế thực hiện quyết toán việc sử dụng nguồn kinh phí hoàn thuế
giá trị gia tăng, có xác nhận của Kho bạc Nhà nước và Vụ Ngân sách Nhà nước để
tổng hợp quyết toán ngân sách nhà nước theo quy định.

Chương IV. TRÁCH NHIỆM CỦA CÁC CƠ QUAN QUẢN
LÝ NHÀ NƯỚC TRONG VIỆC QUẢN LÝ HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 27. Trách nhiệm của cơ quan thuế

1. Quản lý, thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng đúng quy
định của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế, Luật ngân sách nhà nước,
các văn bản hướng dẫn thi hành Luật và hướng dẫn tại Thông tư này.

2. Chủ trì
trao đổi thông tin và phối hợp công tác với các cơ quan có liên quan trong việc
thực hiện các biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Xây dựng cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin
để thực hiện hoàn thuế điện tử, áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế giá trị
gia tăng, giám sát hoàn thuế giá trị gia tăng, hỗ trợ người nộp thuế tra cứu
thông tin về giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế trên
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

4. Lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, quản
lý dự toán và chi hoàn thuế giá trị gia tăng trong phạm vi dự toán hoàn thuế
giá trị gia tăng đã được phê duyệt, thực hiện quyết toán chi hoàn thuế giá trị gia
tăng, thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng đảm bảo an toàn, chặt chẽ tiền của
ngân sách nhà nước và theo đúng quy định của pháp luật.

Điều 28. Trách nhiệm của cơ quan hải quan

1. Thực hiện kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa
xuất khẩu, nhập khẩu của người nộp thuế theo pháp luật hải quan

2. Thực hiện trao đổi thông tin và phối hợp công tác theo
Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ
quan thuế.

Điều 29. Trách nhiệm của Vụ Ngân sách Nhà nước

1. Chủ trì, phối hợp với Tổng cục Thuế trong việc lập dự
toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, tổng hợp dự toán kinh phí hoàn thuế
giá trị gia tăng, quyết toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định
của Luật Ngân sách nhà nước.

2. Phối hợp với Tổng cục Thuế Điều hành dự toán kinh phí
hoàn thuế giá trị gia tăng được Quốc hội phê duyệt. Trường hợp dự toán kinh phí
không đủ chi hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế theo quy định của Luật
thuế giá trị gia tăng và Luật Quản lý thuế, chủ trì trình cơ quan có thẩm quyền
theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Điều 30. Trách nhiệm của Kho bạc Nhà nước

1. Theo dõi, kiểm soát chứng từ chi hoàn thuế giá trị gia
tăng, thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Thông tư này.

2. Hạch toán đầy đủ, chính xác, kịp thời chi hoàn thuế
giá trị gia tăng, thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng theo đúng quy định.

3. Phối hợp
với cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế trong phạm vi dự toán
kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng đã được phê duyệt.

4. Cung cấp chính xác, kịp thời, đầy đủ cho cơ quan thuế
số liệu về chi hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế,
tổng hợp thực chi hoàn thuế giá trị gia tăng, thu hồi hoàn thuế giá trị gia
tăng theo quy định; định kỳ hàng tháng, quý, năm đối chiếu, xác nhận với cơ
quan thuế theo quy định về kế toán ngân sách nhà nước.

5. Thực hiện quyết toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia
tăng theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Chương V. TỔ CHỨC THỰC HIỆN

Điều 31. Hiệu lực thi hành

1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 13 tháng
8 năm 2016.

2. Kể từ khi Thông tư này có hiệu lực thi hành, các văn bản
sau đây hết hiệu lực thi hành:

– Thông
tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/6/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện hoàn thuế GTGT đối
với hàng hoá xuất khẩu;

– Quyết
định số 2404/QĐ-BTC ngày 27/9/2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành
Chế độ kiểm tra hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau;

– Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013 của Bộ Tài
chính hướng dẫn về lập, quản lý và thực hiện hoàn thuế từ Quỹ hoàn thuế giá trị
gia tăng.

3. Quy định chuyển tiếp

a) Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc phạm vi Điều chỉnh của
Thông tư này đã nộp cơ quan thuế trước thời Điểm Thông tư này có hiệu lực thi
hành, đáp ứng Điều kiện, trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về
thuế giá trị gia tăng và Luật Quản lý thuế và cơ quan thuế đang giải quyết hoàn
thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế (cơ quan thuế chưa ban hành quyết định
hoàn thuế) được áp dụng quy định về giải quyết hoàn thuế trước thời Điểm có hiệu
lực thi hành tại Thông tư này.

b) Thu hồi toàn bộ số dư tài Khoản dự toán kinh phí hoàn
thuế giá trị gia tăng đã phân bổ cho Cục Thuế sử dụng (cấp 4) tại thời Điểm
Thông tư này có hiệu lực thi hành về tài Khoản dự toán hoàn thuế giá trị gia
tăng của Tổng cục Thuế (cấp 1) để quản lý dự toán tập trung tại Tổng cục Thuế.
Kho bạc Nhà nước hướng dẫn chi hoàn thuế, hạch toán hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế
giá trị gia tăng theo quy định tại Thông tư này.

4. Các nội
dung khác không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo quy định của
pháp luật về thuế hiện hành.

5. Quá
trình thực hiện, nếu các văn bản liên quan dẫn chiếu tại Thông tư này được
sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ
sung hoặc thay thế.

Điều 32. Trách nhiệm thi hành

1. Tổng cục
trưởng Tổng cục Thuế ban hành quy trình hoàn thuế áp dụng thống nhất trong
ngành Thuế đúng quy định tại Luật Quản lý thuế, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật
Giao dịch điện tử, các văn bản hướng dẫn thi hành và hướng dẫn tại Thông tư
này; chỉ đạo, hướng dẫn triển khai và kiểm tra thực hiện tại cơ quan thuế các cấp.

2. Tổng cục Thuế thực hiện việc xây dựng cơ sở dữ liệu về
hoàn thuế giá trị gia tăng, quy chế phối hợp công tác và trao đổi thông tin với
các cơ quan có liên quan và ứng dụng công nghệ thông tin trong kết nối thông
tin với các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan để quản lý hoàn thuế giá trị
gia tăng theo quy định tại Thông tư này.

3. Thủ trưởng cơ quan thuế, cơ quan hải quan, Kho bạc nhà
nước, Vụ Ngân sách nhà nước và các tổ chức, cá nhân có liên quan có trách nhiệm
hướng dẫn và tổ chức thực hiện theo nội dung Thông tư này.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các tổ
chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu giải quyết./. 

 

TƯ VẤN & DỊCH VỤ